Собственно понадобятся такие пакеты (работаем на Archlinux):

• cuetools
• shntool

Далее собственно скрипт, который мы сохраняем и выполняем командой # sh script_name.sh :

# Далее мы просто конвертируем кодировку, для чего используем iconv.
iconv -f CP1251 -t UTF8 *.cue > album.utf8.cue

# Итого мы получили CUE-sheet в кодировке UTF-8. Далее разбиваем, сначала
# определим метки времени:

cuebreakpoints album.utf8.cue
#Должны получить список меток времени, по которым будет идти разделение.
#Нам не принципиально какие именно метки мы получим, важен тот факт, что
#мы их получили. Используя shnsplit и полученные метки времени делаем
#разбивку на треки:

cuebreakpoints album.utf8.cue | shnsplit -o flac -f album.utf8.cue -t «%n — %t» *.flac
# Получим набор треков с названием split-trackXX.flac, где XX — номер
# трека. Остаётся навесить на треки теги, указанные в CUE-sheet. Делаем с
# помощью скрипта cuetag:
rm *pregap.flac
cuetag.sh album.utf8.cue «%n — %t» *.flac
# Теперь теги добавлены в файлы. Конечно записанные теги могут не совсем
# соответствовать тем, которые приняты в вашей музыкальной библоитеке. На
# такой случай пригодятся руки и программа easytag.

# Вот впринципе и всё по поводу разбивки FLAC+CUE на FLAC-треки.

rm album.utf8.cue